Le drapeau de Harrisburg présente un champ bleu avec une bordure jaune et l'emblème municipal centré. L'emblème consiste en un keystone blanc (pierre de voûte) avec une bordure rouge, incorporant le dôme du Capitole qui dénote l'importance de la ville comme capitale de l'État du Commonwealth de Pennsylvanie.
Le keystone n'est pas un symbole aléatoire. La Pennsylvanie se surnomme "Keystone State" – l'État pierre de voûte. Géographiquement, la Pennsylvanie était au centre des 13 colonies originales. Historiquement, elle a joué un rôle pivot dans la fondation de la nation. Le keystone sur le drapeau de Harrisburg proclame ce statut central.
Le maire Edward Z. Gross a proposé un concours de design. Le drapeau actuel a été légèrement mis à jour en 1991 mais maintient le design original.
Harrisburg, petite capitale dominée par le gouvernement d'État. Le Capitole de Pennsylvanie, achevé en 1906, est un chef-d'œuvre Beaux-Arts avec un dôme inspiré de Saint-Pierre de Rome. Teddy Roosevelt l'a appelé "le plus beau bâtiment de capitole que j'ai jamais vu". Le drapeau capture cette fierté architecturale et politique.