Boise doit son nom aux explorateurs français qui, après avoir traversé des centaines de kilomètres de désert de l'Oregon, ont aperçu les arbres longeant la rivière Boise et se sont exclamés "Les bois ! Les bois !" (prononcer "boi-zi"). Le nom est resté, légèrement déformé en "Boise", et la ville porte fièrement le surnom de "City of Trees".
Le drapeau municipal, adopté en 1989, présente un fond bleu avec une bande blanche contenant les mots "Boise | City of Trees", et en arrière-plan, une silhouette blanche du Capitole d'État de l'Idaho et d'un bosquet d'arbres. Le design a été classé 114e sur 150 dans l'enquête NAVA de 2004 – un score médiocre qui reflète sa nature conventionnelle.
La rivière Boise serpente à travers la ville, bordée de peupliers et de saules, créant un corridor verdoyant qui contraste avec le paysage aride environnant.
En 2025, Boise a fait un geste politique audacieux : le conseil municipal a voté 5-1 pour désigner trois drapeaux comme drapeaux officiels de la ville – le drapeau municipal classique, le drapeau Pride, et le drapeau blanc des donneurs d'organes. Dans un État conservateur, c'était une déclaration d'inclusion. Boise n'a peut-être pas le meilleur drapeau d'Amérique, mais elle montre que la signification d'un drapeau peut évoluer.