Le drapeau de Juneau présente un champ bleu clair avec un carré arrondi contenant une barre ondulée bleue, une étoile jaune dorée avec contour bleu, et les mots "JUNEAU" et "ALASKA'S CAPITAL CITY" en lettres majuscules.
Juneau est l'une des capitales d'État les plus bizarres d'Amérique : aucune route ne la relie au reste de l'Alaska continental. On y accède uniquement par avion ou ferry. C'est une capitale accessible seulement par voie maritime ou aérienne, nichée entre les montagnes et le fjord Gastineau Channel.
Juneau est devenue capitale du territoire de l'Alaska en 1906, succédant à Sitka. Quand l'Alaska est devenu un État en 1959, Juneau est restée capitale malgré des tentatives répétées de déplacer la capitale vers Anchorage (plus peuplée) ou vers une nouvelle ville construite pour cet usage.
La barre ondulée bleue évoque l'océan Pacifique et le Inside Passage – le réseau de voies navigables protégées qui longe la côte de l'Alaska. Les montagnes vertes suggèrent le climat nordique et le terrain montagneux spectaculaire. Juneau est entourée par la forêt nationale de Tongass, la plus grande forêt nationale américaine. C'est une capitale qui ressemble plus à un village de pêcheurs qu'à un centre politique.